由于水中雜質長期積累，反滲透膜元件容易結垢，導致產水率和脫鹽率下降。此時，需要對膜組件進行化學清洗。當雙級反滲透設備有下列情況之一時，須清洗反滲透膜：
1.常壓下，產品水流量降至正常值的10-15%；
2.為了維持產品水的正常流量，溫度修正后的給水壓力提高了10-15%；
3.產品水質下降10-15%，鹽滲透性提高10-15%；
4.使用壓力提高10-15%；
5.反滲透段之間的壓差大大增加。
膜元件存放方法：
1.短期保存
適用于已停用5-30天的雙級反滲透設備。此時，膜元件仍安裝在系統的壓力容器中。
（1）用給水沖洗反滲透系統，同時將系統中的氣體全排出；
（2）向壓力容器及相關管道注水后，關閉相關閥門，防止氣體進入系統；
（3）如上所述，每5天清洗一次。
2.長期停運保護
（1）清洗系統中的膜組件；
（2）反滲透采出水制備殺菌劑，反滲透系統用殺菌劑沖洗；
（3）反滲透系統充滿殺菌劑后，關閉相關閥門，使殺菌劑留在系統中。此時，保障系統已滿；
（4）當系統溫度低于27℃時，每30天更換一次殺菌劑；當系統溫度高于27℃時，每15天更換一次殺菌劑；
（5）雙級反滲透設備重新投入使用前，用低壓水沖洗系統1小時，然后用高壓水沖洗系統5-10分鐘；無論是低壓沖洗還是高壓沖洗，系統產水排放閥均應打開。在系統恢復正常運行之前，檢查并確認產品水無殺菌劑。
