氨基酸分析儀在工業上的應用，大致可分為以下6個方面：
1）食品在改進食品加工工藝、研制新產品中，必須考慮到食品的營養價值和味道鮮美，而食品的美味與氨基酸有關，如、都是呈酸味的，其鈉鹽是呈酸味的，而、是呈甜味的，食品的營養價值主要由蛋白質、氨基酸來確定，所以在食品加工中測量其氨基酸含量非常重要。在工藝改進中，需要進行工藝改進前后的氨基酸分析對比，以確定新工藝是否可行。在試制新產品中，要確定新產品的營養價值和美味，也需要氨基酸分析儀測定其氨基酸的量。另外，強化食品需要在食品中添加氨基酸，當然也要進行氨基酸分析。
2）煙草煙草中含氮化合物對煙草的感官評吸質量和吸者健康都有重要的影響，歷來受到人們的關注。氨基酸含量與煙草的品質有著密切的關系，是重要的致香前體物質。在煙草調制、醇化或發酵、加工乃至燃燒過程中，游離氨基酸與還原糖之間可發生酶催化及非酶催化的棕色反應。生成多種具有蒸煮、烤香、爆米花香味特征的吡喃、吡嗪、吡咯、吡啶類等雜環化合物，某些氨基酸如苯還可以自身分解成香味化合物，如苯甲醇、苯乙醇等。煙草加工過程特別是不同工藝處理會導致氨基酸含量的不同變化。因此，分析氨基酸組成及含量對煙草在加工過程中香味物質損失的控制與補償有著積極的指導意義。
3）制藥有些氨基酸本身有治療作用，如、、半、、、蛋氨酸等。臨床上使用的輸液就是由 11-18 種以上結晶氨基酸配成的制劑。此外，有些氨基酸還可作為合成藥物的原料，如可作為合成6的原料，可作為合成的原料等等。由氨基酸組成的多肽類藥物，如用于糖尿病的胰島素，就是由51個氨基酸組成的多肽，這類生物制品目前使用的也不少。名貴動物藥材如虎骨、犀角、麝香、鹿茸等，其組成都含有蛋白質、氨基酸。滋養補品如、、烏雞精等主要成份也是蛋白質、氨基酸。要研究這類藥物的有效成分，確定其質量以及研制本類藥物的制劑等均需借助于氨基酸分析儀以分析各類氨基酸的含量。另外，在合成藥物的研究中有時也要進行氨基酸分析。
4）制革皮革是否柔軟耐用，與其所含羥的量有關，因此在制革工藝的研究中，需要氨基酸分析儀以測定羥和其它氨基酸的量。
5）石油油巖中氨基酸的含量是確定油礦貧富的重要數據之一，因此在石油開發研究中常用氨基酸分析儀以測定油巖中氨基酸的含量。
6）綜合利用利用廢料制取氨基酸是一個很有前途的發展方向。現在已以魚鱗、非食用魚、象皮、魚皮、毛發渣、蠶蛹渣、扎油后的油籽餅以及含蛋白質的工業廢料、廢渣等作為原料制取各種氨基酸。為了達到經濟利用，首先要分析這些原料中各種氨基酸含量的多少，以便決定從中制取某幾種氨基酸，而制得的氨基酸成品也需要用氨基酸分析儀測定其含量。
