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隨著水產養殖業的發展，水產養殖單位產量大幅度提高，但水質污染嚴重，特別是飼養后期，水中有機物、氨及亞硝酸鹽含量偏高，嚴重影響了魚的生長。光合菌施入水體后，它可降解水體中的殘存飼料、魚類的糞便及其它有機物；同時，還能吸收利用水體中的氨、亞硝酸鹽、硫化氫等有害物質。施用光合菌，能有效避免固體有機物和有害物質的積累，起到凈化水質的作用。

在水產養殖中運用的光合菌主要是光能異養型紅螺菌科(Rhodospirillaceae)中的一些品種，例如沼澤紅假單胞菌(Rhodop seudanonas palustris)；

在自然界淡、海水中通常每毫升含有近百個PSB菌，光合菌的菌體以有機酸、氨基酸、氨和醣類等有機物和硫化氫作為供氧體，通過光合磷酸化獲得能量，在水中光照條件下可直接利用降解有機質和硫化氫并使自身得以增殖，同時凈化了水體。

飼料添加劑

光合菌是一種營養豐富、營養價值高的細菌，菌體含有豐富的氨基酸、、b族維生素，尤其是12和含量較高，還有生理活性物質輔酶Q。光合菌的體積為小球藻的二十分之一，特別適合作為剛孵出仔魚的開口餌料。使用光合菌作為開口餌料，可大幅度提高魚苗成活率。光合菌還可作為飼料添加劑添加在飼料中，光合菌所含的酶類，可以促進魚類對飼料的消化吸收，提高飼料利用率，降低餌料系數，同時還可顯著提高魚的生長速度。