反滲透純凈水設備系統的長期穩定性是反滲透系統的重要組成部分。反滲透純凈水設備系統長期運行的成功與否，取決于系統的正常運行與維護，包括整套系統的試車，開始運轉與關機、清洗與保養等，膜面污垢和水垢預防不僅在預處理設計上要考慮，正確的操作也很關鍵，同時記錄的保存及RO運行參數日報表很重要，這些資料既能反映該套系統的運行真實的情況，也是采取修正措施時的參考。
反滲透純凈水設備開機前檢查：
初次開機通常在膜元件裝填之后及時進行，在裝填元件入壓力容器之后，開啟RO單元前須確認整個前處理部分按規范運作。 初次開機時，前處理系統和RO單元須檢查以下各項：
a、管線和泵連接部分之儀器設備需使用耐腐蝕材料；
b、管線和反滲透純凈水設備皆需符合設計壓力；
c、介質過濾器已經過反沖洗和清洗，出水指標達到設計RO進水指標；
d、高壓泵前保安過濾器須沖洗干凈且無油；
e、在接上高壓容器前應對包括RO供水接頭等注入管線清洗干凈并沖洗；
f、化學藥品按需求在適當的加藥點注入，并配適當攪拌；
g、裝備并校正適當的儀表（壓力表、溫度表、PH計、電導儀等）；
h、泵作好操作準備（潤滑、轉動靈活）；
i、壓力容器穩固地裝配在RO支架上；
j、RO膜裝置應避免惡劣的溫度（如冷凍、直接日照、暖氣出口等）；
k、檢查各管路是否按工藝接妥，電器線路是否完整，接線是否穩定；
l、透過液管線為開啟狀態；
m、調整反滲透純凈水設備RO膜系統進水閥或旁通，以控制進水流量少于操作進水流量的50%.
