物料進入潔凈區程序：
領料人領取的原輔料、包裝材料等通過適當的方式運到脫外包間，脫去外包裝，用潤濕的抹布擦去物料內包裝上的粉塵，有內包裝且內包裝無標識的，在內包裝上貼掛好寫明品名、規格、批號和數量等項目的標簽，并注明合格標識。
打開物料傳入傳遞窗外門，把原輔料、包裝材料放入物料傳入傳遞窗，立即關好外門，開啟紫外燈，十分鐘后通知潔凈區內接料人員到物料傳入傳遞窗取領用的物料或由本人按照《人員進出凈化車間清潔程序》的規定，進入潔凈區后取料。
潔凈區內接料人員或領料者本人打開物料傳入傳遞窗門，將原輔料、內包裝材料轉移到潔凈區（必要時可使用密封袋進行密封運輸），并立即關閉傳入傳遞窗門。
潔凈區內接料人員或領料者本人將潔凈區的原輔料、包裝材料根據各崗位需要運至相應崗位或暫存于物料暫存間。
一般生產區容器具和潔凈區所用的潔凈區容器具不得相互混用和接觸。
物料和半成品出潔凈區程序：
本批產品生產完畢后剩余的原輔料、包裝材料，封好內包裝口后，在內包裝上貼上不干膠簽，注明品名、批號、規格、重量/數量，打開物料傳出傳遞窗門將退庫物料轉移至傳遞窗中，通知倉庫人員等待接收退料，退料人員輔助倉庫人員將原輔料、內包裝材料等套上相應的外包裝后，送回倉庫。
生產完成并用于外包組裝的的半成品，可通過半成品傳遞窗直接傳出潔凈區。傳出時人員將半成品放入半成品傳遞窗（潔凈區內工作人員嚴禁進入緩沖區）。五分鐘后通知一般區領用或接料人員接料。
物料進入潔凈區的時間規定在相關作業工作開始之前必須完成，物料和半成品出潔凈區時應按照統一清出原則，盡量避免多次清出操作。
垃圾廢棄物出凈化車間的程序：將垃圾廢物用專用垃圾袋裝好、密封。由廢棄物傳遞窗運出凈化車間。
