許多產品都需要進行真空冷凍干燥，因此 ，冷凍干燥機應時而生，并且運用越來越廣泛。不管是為了應用安全或者是為了設備的使用期限，現將通常運用中的該設備在應用中需要注意的情況介紹如下：
1、每次開機前，要查看制冷系統是不是正常，真空泵油面是不是在兩條紅線之間。
2、在進行冷凍干燥機干燥前，首先將樣品物質進行簡單的處理，使樣品外形大小相同，松散平鋪在金屬盤上，或放到玻璃器皿和其余容器里，使厚度相同，通常厚度不超過2cm。
3、因為各類樣品物質性質不一樣，所需要的溫度，維持的時間也不一樣，通常水分含量高的，營養物質豐富，含有特殊氣味的物體，都需要快速冷凍，以維持其營養成分不被破壞并可維持原有的氣味。
4、樣品一定要凍結成冰，如果有殘余液體會導致氣化噴射。
5、啟動真空泵以前，查看充氣閥是不是關閉，出水閥是不是扭緊，有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面是不是干凈沒有污垢，是不是良好密封。
6、樣品在冷凍環節中，溫度漸漸下降，能夠 將樣品拿出回暖一定時間后（仍處在冰凍狀態），接著干燥，以減少干燥時間。
7、通常情況下，該機不得連續應用超過48小時。
8、注意該設備冷阱約為零下65度，能夠 做低溫冰箱應用，但一定要戴保溫手套使用避免 凍傷。
9、樣品物質干燥結束后，請關閉冷凍干燥機總電源，開啟放氣閥，并且排掉真空泵里的水，開啟真空泵放油閥，首先排出的是真空泵里的水，直到排出油，隨后從加油孔處添加真空泵油到兩個紅線之間的位置上。
