許多產品都需要進行真空冷凍干燥，因此，真空冷凍干燥機應時而生，并且應用越來越廣泛。不管是為了應用安全或者是為了增加其使用壽命，在應用中都需要注意一些事項，具體如下：
1、真空冷凍干燥機每一次開機前，要查看制冷系統是不是正常，真空泵油面是不是在兩條紅線中間。
2、在進行干燥前，首先將樣品物質進行簡單的處理，使樣品形狀大小相同，松散平鋪在金屬盤上，或放到玻璃器皿和其他容器里，使厚度相同，通常厚度不得超過2cm。
3、由于各種樣品物質性質不一樣，所需要的溫度，維持的時間也不一樣，通常含水量高的，營養物質豐富，含有特殊氣味的物體，都要求急速冷凍，以維持其營養成分不被破壞并可維持原有的氣味。
4、樣品一定要凍結成冰，如果有殘余液體會導致氣化噴射。
5、啟動真空冷凍干燥機真空泵之前，查看充氣閥是不是關閉，出水閥是不是擰緊，有機玻璃罩與橡膠圈的接觸面是不是清潔沒有污物，是不是良好密封。
6、樣品在冷凍過程中，溫度慢慢降低，能夠將樣品取出來回暖一段時間后（仍處在冰凍狀態），繼續干燥，以減少干燥時間。
7、通常情況下，該機不可以連續應用超過48小時。
8、注意儀器的冷阱約為零下65度，能夠做低溫冰箱應用，但一定要戴保溫手套操作避免凍傷。
9、樣品物質干燥結束后，請關閉冷凍干燥機總電源，開啟放氣閥，并且排掉真空泵里的水，開啟真空泵放油閥，首先放出的是真空泵里的水，直到放出油，隨后從加油孔處補加真空泵油到兩個紅線中間的位置上。
