分液漏斗振蕩器的主要用途有很多，其中混合物的分離最重要。首先，需要分析任何數量的復雜混合物，無論是來自污染物井水，還是法醫DNA樣品，又或者是藥物配方，純化這些化合物是進一步使用所必需的。
但出于一些特殊原因，各種分液的范圍也各不相同，化合物必須在合理的條件下表現出一定程度的波動性。但是可用于凈化各種化合物，無論是固體還是液體，萃取提取技術的基礎規則很重要，例如，水通常會溶解無機鹽和其他電離物質，同時溶劑溶解中性有機物分子。然而，一些化合物在兩者中都表現出溶解性。因此，重要的是要記住這種分離方法非常依賴規則，例如，2-戊醇幾乎不溶于水，但無限溶于。因此，可以優先分配2-戊醇，以此來除去無機物質。實際上，后處理通常使用兩種不混溶的溶劑進行。如果在四氫呋喃，二惡烷或甲醇中進行，則通常在處理之前需要通過蒸發除去這些溶劑，因為這些溶劑在水中都具有高溶解度，并且可以建立單相系統或乳液。
典型的萃取溶劑包括乙酸乙酯，己烷，氯仿，二氯甲烷和。所有這些溶劑會形成清晰的界限。這兩層通常稱為水相和有機相。跟蹤階段也非常重要，因為它們的位置取決于溶劑。例如，比水輕，因此有機相會停留在上面頂部在分液漏斗中，而二氯甲烷比水重，因此將沉到底部。當用有機溶劑處理從水中除去組分時，提取水相需要使用三份乙酸乙酯。例如，反應產生陰離子通常會取得溫和地反應，可以選擇加入酸性水溶液中和任何殘留的堿。對于非常酸性的反應也是如此。因此芳香硝化反應通常通過倒入來淬滅大量的冰，稀釋酸性環境。雖然萃取通常用中性水相進行，但有時也是如此可以使用ph調節。例如，萘磺酸鹽的混合物酸和萘可以通過用碳酸氫鹽洗滌來分離，其中在這種情況下，磺酸被去質子化并分配到水相中。類似地，萘和喹啉的混合物可通過酸洗分離。
有機溶劑用于后處理，因為它易于通過蒸發除去，最后留下感興趣的有機化合物，如果遇到一個常見問題，也就是來自水洗液的殘留水，可以選擇乙酸乙酯和二乙酯，這些都能溶解大量的水。因此，用鹽水洗滌這些有機層是有利的提取結果的。
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