分液漏斗振蕩器用于純化和分離化合物，并用于進一步使用，此類別中見的技術是準備性的HPLC，制備型TLC和柱色譜。一個流行的修改柱色譜法是閃蒸，其在中等壓力下操作并提供非常快速的分離，柱色譜適用于幾毫克的樣品，為此，柱色譜通常在分析過程中加熱，該保溫時間可以通過烤箱溫度控制，溫度越高，樣品洗脫得越快。
分液漏斗振蕩器中的流動相是一種溶劑系統，可用于代替溫度杠桿保留，但更常見的是二元溶劑不同極性的溶劑混合物。后者的優點是體積大，通過改變兩種溶劑的比例可以調節極性。例如，考慮以1：1開發的乙酸乙酯和己烷的混合物，其顯示出兩種分離良好的組分。可以通過它們的Rf值來表征，Rf值被定義為距離從原點行進除以流動相行進的距離。如果想要更大的Rf值，可以通過增加來提高溶劑的極性乙酸乙酯在流動相中的比例。
在正相和反相系統時，可以用非極性取代基衍生二氧化硅，如長鏈脂肪族殘留物。這產生了稱為反相系統的情況。在正常階段色譜法，固定相比流動相更具極性，在反相中，固定相的極性小于流動相。衍生化二氧化硅本身不僅極性小，而且還允許使用極性極性溶劑，如水和甲醇。反相導致一些違反直覺結果。例如，更多的極性組分實際上洗脫得更快，而且更多極性溶劑系統導致保留時間增加。
在制備技術中，柱色譜是的。典型的列范圍直徑0.5-5.0厘米，硅膠柱高約15厘米。一個樣本是加載到色譜柱頂部，然后通過強制溶劑快速洗脫在中等壓力下。收集一系列餾分，其體積為由柱的大小決定，對于2厘米的柱，通常收集10毫升分數。收集后，將級分點在長TLC板上，并在水中顯色用于洗脫閃蒸塔的相同溶劑系統。
分液漏斗振蕩器的特殊應用除了上面討論的標準技術，還有兩種特殊方法特別的分子純化和分析。電泳氨基酸分離和表征的一種重要方法是電泳。在這種分析技術中，氨基的混合物將酸點在導電凝膠的中心，在其上面施加電勢。然后氨基酸向陽極或向陽極遷移陰極，取決于每個分子上的凈電荷移動到陰極，帶負電的物質移動到陽極。流動性每種離子的含量取決于其凈電荷和質量。由于氨基酸是多官能可電離分子，它們的凈電荷是apH值的作用。
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