食用菌香菇菌種生產的培養基及栽培棒的滅菌通常采用蒸氣濕熱滅菌，它通過濕熱的水蒸氣將熱能傳給培養基和料棒，使之達到較高的溫度，從而使存在于培養料中的所有生物的蛋白質受熱凝固變性而死亡，從而達到無菌狀態。蒸氣濕熱滅菌因滅菌時的壓力、溫度不同又可分為高壓滅菌與常壓滅菌。高壓滅菌壓力大、溫度高、時間短、能耗少，但投資較大，而常壓滅菌正好相反，滅菌溫度較低、時間長、能耗多，但設施簡單，投資少。在實際生產中，菌種生產多采用高壓滅菌，而一般栽培料棒則大多采用常壓滅菌。
因此食用菌滅菌設備分為高壓滅菌鍋與常壓滅菌鍋。高壓滅菌鍋采用特制的鋼板制成，密封并能承受一定的壓力。為確保使用安全，高壓滅菌鍋均由專業工廠制造，經嚴格的檢驗合格后才可以使用，使用期間還需經專門機構檢測；常壓滅菌鍋具有構造簡單、投資少、滅菌容量大、操作安全方便等諸多優點，是代料香菇生產的設備。滅菌時，利用外部燃料對鍋內的水加熱產生的蒸氣對滅菌物品進行加溫，從而達到滅菌目的，其加溫只能達到100度左右，因此滅菌時間較長，在被滅菌的物品表面達到100度左右后，還需繼續維持此溫度12-14小時才能確保滅菌。
