水箱是否干凈常常影響到純化水設備后級單元出水水質的好壞，所以保證所使用的水箱干凈是十分重要的。通常黏附在水箱上的污物，有可溶性物質，也有不溶性物質和塵土，可能還有油污和有機物質。針對各種情況，可以采用下列方法對純化水箱清洗消毒。
清洗前要先關閉水箱的各個進水和出水閥門
1、用水刷洗(預清洗) 選擇合適的毛刷用自來水刷洗原水箱(用純水刷洗中間水箱和純水箱)的外表面和內表面，可以使可溶性物質溶去，也可以使附著在水箱上的塵土和不溶物脫落下來。刷洗完畢后將水箱內的清洗水傾倒干凈。如果水箱外表面還有未洗掉的跡印，可以用牙膏進行擦洗，然后用水清洗干凈即可。
2、用堿液刷洗(消毒清洗) 用毛刷蘸取2%的NaOH溶液，先反復刷洗水箱內表面，特別是各結縫處，然后用自來水沖洗原水箱(純水沖洗中間水箱和純水箱)，并將沖洗的水傾倒干凈，直到清洗水清澈干凈為止。最后用自來水或純水對水箱內部進行沖洗5分鐘。同時水箱蓋也應該用同樣的方法進行清洗。
3、清洗完畢后，將水箱內殘余的水瀝干，然后蓋緊桶蓋，將各個進水和出水閥門打開。
4、純化水水箱清洗消毒與管網一起進行,不必單獨在進行清洗消毒。
