設計純化水設備的目的是為了純化水設備運行，設計必須考慮運行的安全、可靠、經濟、易于操作和維護以及環境保護等方面。
為防止膜口袋粘接線破裂，在設計上必須考慮靜背壓問題，對醋酸膜元件任何時候產水側的壓力都不能高于給水及排水的壓力，即膜不允許承受背壓。由于反滲透膜過濾是通過壓力驅動的，在正常運行時是不會存在背壓的，但是如果系統正常或者故障停機，閥門設置或者開閉不當，那么就有可能存在背壓，因此必須妥善處理解決背壓的問題。
純化水設備膜元件制造廠商一般都提供設計導則供設計者遵循，導則中對于不同的給水水源和SDI值規定大膜元件產水量、膜元件回收率和給水流量。在反滲透系統的設計中，膜的水通量和膜元件回收率對反滲透系統本身來說是首要問題，元件的水通量和回收率過高可能造成膜的污染速度過高和過于頻繁的化學清洗。
