濾色塊是熒光顯微鏡的重要部位，其核心部件由激發光濾色片（first barrier filter）、發射光濾色片（second barrier filter）和半透半反濾色片(beam-splitting mirror)組成。
1．激發光濾色片及發射光濾色片：根據光源和熒光色素的特點，通常選用以下三類配套，提供一定波長范圍的激發光，并使樣品激發出的熒光透過，到達目鏡成像。
紫外光激發：激發光濾色片可使紫外光透過，阻擋400nm以上的可見光通過。與之相應的發射光濾色片可允許藍光通過，視野內的光呈藍色，如應用于DAPI染色。
藍光激發：激發光濾色片可使藍光通過，阻擋其他波段的光。與之相應的發射光濾色片可允許綠光通過，如GFP 染色標記。
綠光激發：激發光濾色片使綠光通過，阻擋其他波段的光。與之相應的發射光濾色片通常可允許紅光通過，如Rhodamine染色。
2．半透半反濾色片：它的作用是阻擋激發光通過，而將其反射；并透過相應波長范圍的發射光。其型號與激發光濾色片和發射光濾色片相對應。
3. 光路：光線在熒光濾色塊中的傳播光路為：反射光濾光片只允許光源中特定波長的光線透過，這部分激發光到達半透半返濾色片時被反射后通過物鏡照射到樣品上，樣品中的熒光基團被激發光激發，發射出長波長的熒光；發射光通過物鏡，透過半透半反濾色片，到達發射光濾色片，此時又只有特定波長的光線透過，最后通過目鏡被我們肉眼看到的就是樣品中的熒光了。
