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樣品濃度的干擾：
對于原子熒光光譜儀，氫化物發(fā)生-石英管原子化器不僅能提供待測元素原子化的條件，而且還應能提供一個使熒光大的環(huán)境。雖然在氫化物發(fā)生-石英管原子化器設(shè)計上，為防止熒光猝滅，提高原子熒光強度，在石英管原子化器上端形成一層氬氣屏蔽層，以防止周圍空氣進入石英管中心的原子化區(qū)，但由于樣品基體等因素的影響，如由共存組分會引起熒光猝滅，猝滅作用的直接后果是使熒光效率下降。一般可采用減小溶液中基體濃度的方法來避免。對于一些含量較高的樣品，如測高濃度砷時，光譜峰中間明顯下凹。測定高濃度樣品時還會對自身環(huán)境帶來的某些其他干擾元素影響，因此應預先篩查樣品，將樣品稀釋到低濃度時再上機測定。

散色光的干擾：
散射光對原子熒光光譜也會產(chǎn)生影響。這是因為熒光信號比發(fā)射和吸收信號更弱，更容易受到散射光的干擾。可用空白溶液測量分析線處的散射光強度予以校正。在測定汞的實驗中，出現(xiàn)測定結(jié)果的重復性不滿足要求的現(xiàn)象，通過將汞元素燈預熱約10min，然后再操作，這樣測定結(jié)果的重復性得到了明顯的改善。因此，操作時為保證光源的穩(wěn)定性，元素燈必須得到充分的預熱。

環(huán)境的干擾：
原子熒光光度計對實驗環(huán)境要求較高。因此，在實驗中要注意對各環(huán)境因素。
首先儀器擺放的上方應配有排風設(shè)施，如抽風機、萬向排風機等，經(jīng)常注意實驗室的通風和實驗室的清潔；
其次要注意在該實驗室內(nèi)不存放易污染、揮發(fā)性強的物質(zhì)；經(jīng)常清洗反應系統(tǒng)的管道、原子化器等。因氫化物發(fā)生反應條件對溫度有要嚴格的要求，若環(huán)境溫度變化太大，使燈的穩(wěn)定性會受到影響，儀器室內(nèi)的溫度應以20~25℃為宜。由于原子熒光儀在酸性條件下工作，為防止室內(nèi)的酸霧附著在空氣中潮濕水份而腐蝕原子化器化器等部件，必須控制濕度。
另外，實驗環(huán)境中自身帶來的影響也不可忽視，如原子熒光儀因為采用5%的鹽酸作為載流，而且載流槽是開放式的，儀器一些配件易被腐蝕，還有實驗容器清洗不干凈等，這些問題如不及時處理，也會導致熒光強度的偏離。因此要求儀器每次使用后必須的清洗。實驗容器需經(jīng)酸浸泡并嚴格清洗后使用。