凝膠凈化色譜儀廣泛用于分離小分子化合物，它的分析流程是將流動相與樣品帶入凈化柱，試樣中各組分按照分子大小順序洗脫，大分子油脂、色素、生物堿、聚合物先淋洗出來農藥等較小分子后淋洗出來，檢測器檢測出信號，組分收集器收集含有目標組分的洗脫液。
凝膠凈化色譜儀的主要特點：
1、整體控溫
GPC系統不僅僅對色譜柱進行溫度控制，而是將高溫GPC的溫控設計應用在常溫GPC儀器上，對系統內的各個部件，包括、色譜柱以及檢測器，整體進行控溫。使得溶劑在進入之前就達到恒定的溫度，減少由于溶劑體積隨溫度變化而產生的對檢測信號的影響，從而可以獲得更穩定的示差(RI)基線，得到更穩定的分析結果。
2、雙流路系統
GPC儀器中配備的示差(RI)檢測器，是以檢測器中樣品池和參比池中溶液的折光指數之差來表征待測樣品，檢測器采用的是雙流路的設計，增加了一個參比流路的，使得整個系統從、色譜柱到檢測池，都分為獨立的樣品和參比兩個流路，使得示差檢測器的參比成為真正意義的參比，從而保證盡可能的減少溶劑自身性質的變化對檢測信號的影響，可以得到重復性更高和更的分離結果。
3、RI檢測池
GPC系統中使用的RI檢測器其檢測池體積僅為2.5uL，而目前市場上商用的RI檢測器體積大多在8～10uL。更小的檢測池體積雖然對檢測器的加工工藝提出了更高的要求，但是它帶來的好處是可以提高RI檢測的靈敏度和精度，從而可以得到更可靠更的分析結果。
