柱狀活性炭的吸附能力與水溫和水質有關。水溫越高，活性炭的吸附能力越強；如果水溫高達30℃以上，吸附能力達到ji限，可能會逐漸下降。當水質呈酸性時，活性炭對歸離子的吸附能力相對減弱:當水質呈堿性時，活性炭對陽離子的吸附能力減弱。水質pH不穩定也會影響活性炭的吸附能力。樣品活性炭的吸附能力與水接觸時間成正比，接觸時間越長，過濾后的水質越好。過濾后的水應該慢慢流出過濾層。新型活性炭在初次使用前應清洗干凈，否則會有墨黑水流出，活性炭在裝入過濾器前，應在底部和頂部加鋪2~3厘米厚的海綿，以防止藻類等大顆粒雜質滲入，活性炭使用2~3個月后，如果過濾效果下降，應更換新型活性炭，海綿層也應定期更換。
顆粒表面形成平衡的表面濃度，將有機物雜質吸附到活性炭顆粒中，使用初期吸附效果高。但是，隨著時間的推移，活性炭的吸附能力會在一定程度上減弱，吸附效果也會下降。水族箱水質混濁，水中有機物含量高，活性炭很快就會失去過濾功能。因此，活性炭須定期清洗或更換。
柱狀活性炭顆粒的大小也影響吸附能力。一般來說，活性炭顆粒越小，過濾面積越大。粉末活性炭總面積很大，吸附效果很好，但粉末活性炭容易隨水流入水族箱，難以控制，很少使用。顆粒活性炭不易流動，水中有機物等雜質不易堵塞活性炭過濾層，吸附能力強，便于攜帶和更換。
