分子蒸餾設備是一種特殊的液--液分離技術，它不同于傳統蒸餾依靠沸點差分離原理，而是靠不同物質分子運動平均自由程的差別實現分離。
當液體混合物沿加熱板流動并被加熱，輕、重分子會逸出液面而進入氣相，由于輕、重分子的自由程不同，因此，不同物質的分子從液面逸出后移動距離不同，若能恰當地設置一塊冷凝板，則輕分子達到冷凝板被冷凝排出，而重分子達不到冷凝板沿混合液排出。這樣，達到物質分離的目的。
在沸騰的薄膜和冷凝面之間的壓差是蒸汽流向的驅動力，對于微小的壓力降就會引起蒸汽的流動。在1mbar下運行要求在沸騰面和冷凝面之間非常短的距離，基于這個原理制作的蒸餾器稱為短程蒸餾器。短程蒸餾器（分子蒸餾設備）有一個內置冷凝器在加熱面的對面，并使操作壓力降到0.001mbar。
分子蒸餾的工作流程：
1、過濾。
污水重力流進濾池，濾池中設有布水堰，通過引導從滾筒一端進入滾筒，再通過筒外表面上的長孔沿徑向流向多邊形過濾盤腔。
2、清洗。
過濾過程中，隨著固體懸浮物的不斷累積，部分污泥吸附于濾布的內側，逐漸形成污泥層，短程分子蒸餾的主機同時啟動，帶動過濾轉盤旋轉，對過濾盤上的濾板進行清洗。
3、排垢。
過濾板清洗過程中，泥水流入滾筒內的排泥槽里，自動排出。
