微波殺菌設備在殺菌技術上優勢非常多，比傳統的食品行業的巴氏加熱殺菌，技術上可謂是更加*，在效果上也是更勝，但是兩者都有一個共同點，就是它們都需要一個物理環境，也就是一個殺菌的環境，下面讓我們詳細了解一下。
微波輻射對生物體相互作用具有雙向性，如果微波劑量超過生物體(可以是整體或者是某敏感部位的局部)耐受量閉值，都將對生物體造成傷害。但如果低于閥值，微波輻射對生物體的生理活動卻能起到激活、催化作用。
從哲理來說，殺菌過程是制造一個人為環境，讓細菌處于這樣一個環境中受到影響來達到不利于細菌的生存而殺滅的目的。巴氏殺菌制造人為環境是熱力場(或稱溫度場)，讓組成細菌的蛋白質，受熱凝固終止其生命。
巴氏殺菌環境為物理性質的：不同的殺菌溫度表明細菌處于不同熱程度的溫度場中得到殺滅，它反映了被殺滅的菌種或芽抱耐熱性不同。巴氏殺菌理論中以數字定量地反映了這種的不同，以D值表示。D值定義為菌致死率曲線斜率的負倒數，即某一定溫度下，每減少90%活菌(或芽抱)數所需要的時間，通常以分鐘為單位。D值的大小代表不同菌種的耐熱性程度。
微波殺菌設備的物理環境有二個：一是熱力的溫度場，另一為電磁力的頻率甚高的電磁場。是兩種物理場對微生物作用，其中以電磁力場殺菌為主導作用。
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