對于陰離子色譜，通用有三種清洗方式，分別用于清洗酸溶性、堿溶性或有機污染物，在清洗過程中必須要確保嚴格按照清洗過程進行，否則會引起色譜柱的局部高壓而損壞色譜柱。對于有機溶劑清洗色譜柱，需要逐步減少有機溶劑的量以避免由于混和而造成的流動相粘度的變化。
(1)選擇合適的清洗溶劑
a.對低價親水污染物：用10倍的淋洗液；
b.對高價親水污染物：用1到3M的鹽酸作淋洗液；
c.對金屬污染物：會引起色譜峰不對稱性，如鐵離子會引起硫酸根和磷酸根的拖尾，鋁會引起磷酸根回收率降低，可采用絡合劑酸類，如0.2M 草酸;
d.有機污染物：有機污染物會引起色譜柱效降低，可以采用兼容的有機溶劑清洗，有時也可以采用高濃度的鹽酸與有機溶劑混合清洗則更為有效，如200mM鹽酸和80%乙腈，但要注意這種溶液要混合立即使用，長時間混合會造成酸的分解并且損壞色譜柱。要特別注意色譜柱有機兼容性，如果該色譜柱只能對15%的有機溶劑兼容，這時有機溶劑濃度就不能超過15%。
(2)清洗過程
a.配制500mL合適的清洗溶液；
b.斷開抑制器中，分別清洗保護柱和分離柱，如果分離柱和保護柱串聯清洗，則將保護柱接在分離柱之后；
c.設置流速對2mm色譜柱采用0.5mL/min,而對4mm色譜柱采用1mL/min；
d.用二次去離子水沖洗色譜柱15分鐘；
e.用清洗液清洗色譜柱60分鐘；
f.用二次去離子水沖洗色譜柱15分鐘；
g.連接抑制器，用淋洗液平衡色譜柱。
