對于顯微鏡這中精密的儀器來講，清潔CCD與鏡頭污點無疑會成為使用過程中的一大難題，下面我們將介紹一些清潔方法，但建議清潔過程中一定要小心謹慎，以防出現不可挽回的后果。
CCD與鏡頭上污點產生的原因：
一、如果污點出現在CCD上，則可能是一些灰塵等小顆粒沉積在CCD與鏡頭之間：CCD工作時帶電的特性使它們表面常常聚積大量的靜電，很容易吸附灰塵。當人們清潔傳感器時，往往擔心會損傷CCD。而事實并非如此，CCD上面都覆蓋有一層由帶涂層的光學玻璃制成的濾鏡，從而不直接暴露在外。這些濾鏡才被安置在真正的傳感器上面，濾鏡和傳感器之間有一道縫隙。因此只要注意小心，清潔一般不會傷害到CCD。
二、如果污點出現在鏡頭上，則可能是實驗操作時，某些液體從箱體內飛濺到鏡頭上的。
確定污點位置：
1、把光圈收到最小，對著淺色、純凈的背景打開預覽功能。
2、旋轉一下攝像頭，同時觀察預覽窗口中污點是否跟著轉。如果污點不轉，說明污點在攝像頭或者鏡頭上。
3、旋轉一下鏡頭，看污點是否跟著轉。如果污點跟著轉，污點在鏡頭上。如果污點不轉，則在攝像頭上。
解決方案：
首先應該確定是否真的需要清潔CCD，如果灰塵沒有大到忍無可忍的地步，建議不要急于清潔。清除污點比較麻煩，污點容易越擦越多，所以如果不太影響成像（一般在光圈小的情況下容易看到，加大光圈就會消失），盡量不做清潔。當然,如果影響到成像,我們則建議用以下物品進行清潔：
1、高純凈的乙醇（與的混合液）--用于擦拭鏡頭或濾色片表面。
2、高級吹風球--用于清除灰塵及異物，切忌采用劣質吹氣球，劣質吹氣球在橡膠老化后內部有顆粒脫落，會隨氣流吹出，此時，鏡頭清潔工具便變成了鏡頭殺手。
3、高級長纖維鏡頭紙--拿鏡頭紙擦拭鏡頭前，一定要用肥皂把手整個清洗干凈， 切記留有油漬，尤其是人體自然分泌的油脂。
4、杉木棒或松木棒--在其卷繞上鏡頭紙，用來擦拭物鏡。
