因為金相顯微鏡是光學儀器中相對來說很貴的儀器，所以來說如何保護金相顯微鏡就成為客戶關注的重點，金相顯微鏡中常見的有：鏡片生霉、生霧、開膠，表面鍍膜層損壞或脫落，零件變形，潤滑脂干涸，臟污等，其中鏡片的生霧、生霉等狀況尤為多。因此，合理解決金相顯微鏡中的防霉、防霧等，在金相顯微鏡的保養里是很重要的一個環節。
光學零件的發霉、生霧嚴重阻攔光線，進而腐蝕光學零件，危害很大。防霉、防霧與儀器的設計、加工、裝配、使用和保管等整個過程都有密切關系。
現從使用保管方面來說。
我們要保持金相顯微鏡良好的密封性。
儀器使用、保管不當，密封受到破壞時，會使一股氣流流入儀器內部，霉菌或附有霉菌孢子的螨蟲便可能隨氣流侵入儀器內部。同時，如環境污染、塵土、臟污等物質和結霧核心也會隨之侵入儀器。因此，金相顯微鏡應防止曝曬、火烤或長時間在嚴寒的戶外使用。另外，擦拭儀器時，不應把密封油灰擦掉，存放時更嚴禁在物鏡轉化器或目鏡筒上不安裝物鏡蓋或防塵蓋子。
然后，保持金相顯微鏡干燥性。
金相顯微鏡等顯微鏡應放置在離墻離地，靠南并遠離潮濕的桌子或架子上。應經經常地打開鏡箱晾一晾，以達到通風干燥的目的。
接下來是化學殺菌和物理防霉。
用化學藥品殺死進入金相顯微鏡的孢子，是近年來逐漸推廣的方法。現在應用的有薰蒸殺菌劑和接觸性殺菌劑，此外，經過長期實踐，顯微鏡廠家認為比較有效的防霉藥品是H50.紫外線對霉菌有很強的殺傷力，特別是2400~3000埃的紫外線，對霉菌的殺傷力。
綜上所述，顯微鏡廠家認為針對金相顯微鏡的結構特點和產生的原因，保管、保養的基本原則是要做到防震動、防撞擊、防高溫防潮濕及化學藥品侵蝕等，以及正確使用和經常擦拭，保持環境和儀器的清潔。
