當水冷卻器的換熱效率下降時，應通過監測查明原因。如果腐蝕率、菌數及黏泥量均不超標，而在監測換熱器發現水垢，則可推斷水垢為主要危害。
處理水垢的主要方法是將其溶解和分散。一般是加大阻垢劑量及加酸調低pH值。如果長期處于結垢狀態，就應考慮調整緩蝕阻垢配方。在不停車情況下清除水垢不如停車單臺酸洗和容易，但為保證生產仍必須采取一定處理措施。
處理措施之一是增加阻垢劑量、減少緩蝕劑量。一般是增加膦酸鹽及聚羧酸鹽阻垢劑的用量，減少聚磷酸鹽及鋅鹽的用量。但單純采用這種措施，要想在不停車情況下清除碳酸鈣、磷酸鈣、磷酸鋅、氫氧化鋅等水垢還達不到目的，還必須加酸降低pH值運行。因降低pH值會改變各種離子的平衡關系（如改變碳酸鈣飽和指數、穩定指數、磷酸鈣飽和指數），使水垢的溶解度增加。加酸消垢的方法有以下兩種。
一種方法實際上是改變運行條件，少量加酸，使pH值略降低運行，使水垢緩慢溶解。例如，原來運行pH值為8.0～8.5，可改為7.5～8.0、7.0～7.5，甚至6.5～7.0運行。這樣運行半個月、一個月或者兩三個月，使水垢逐漸消失，直到監測數據正常為止。這種方法實際上是讓水質在腐蝕狀態下運行。如果主要結磷酸鈣垢，可以暫時減少聚磷酸鹽投加量。如主要結鋅垢，可暫停加鋅鹽。也可在降低pH值的同時，適當增加阻垢劑用量。
另一種方法是不停車系統酸洗。就是加酸，將pH值降到5.5左右，在1～3d內將水垢洗下。同時加大分散劑量或同時停加聚磷酸鹽和鋅鹽。清洗結束時，大量排污。采用這種方法應極其慎重。因為循環冷卻水系統中有混凝土、木材等結構，低pH值會使其受到侵蝕。系統中已使用多年的水冷卻器也有可能因此泄漏。調pH值萬一不慎降到4.3以下，則會破壞金屬上的保護膜，使全系統腐蝕。原則上這種方法不宜提倡。應該提倡加強對系統腐蝕結垢情況的監測，在結水垢的苗頭發現時，盡可能采用前一種方法解決。有的單位采用pH值為2～3的低pH值系統清洗方法除水垢，這是更不宜推廣的。在不得已需采用這種方法時，盡可能控制pH值不低于5.0。其前提是：對全系統水冷卻器的完好狀況心中有底，能夠確保清洗后無水冷卻器泄漏。
某廠多次發生蒸汽表面冷凝器結水垢，使真空度下降，如有時從54.66kPa（410mmHg）降到零，使生產受到影響。該廠采取降低pH值清洗，控制pH為5.5，3d后真空度恢復如初。該廠表面冷凝器的材質為不銹鋼，無腐蝕泄漏的危險。該廠將臨時加酸點設在表面冷凝器冷卻水入口處，控制表面冷凝器的冷卻水出口pH值為5.5左右。這部分低pH值的出水與全系統的循環水匯合之后，pH值會提高到5.5以上，因此不會造成系統腐蝕。
不停車的系統酸洗只適用于清洗水垢，不適用于清洗腐蝕產物。如以碳酸鈣水垢為例，pH值為5～6時，碳酸的形態以H2CO3、HCO－3為主，CO2－3已不存在。故碳酸鈣水垢被轉化為可溶的碳酸氫鈣。而鐵的氧化物要在更低的pH值下才能溶解，一般pH值在4～5時開始溶解，pH<3時大量溶解。因此，腐蝕產物宜采用單臺酸洗，而不宜采用系統酸洗的方法。
