殺生劑通過本單位試驗篩選，進行殺生試驗，再應用于現場。選擇殺生劑一般需考慮以下因素。
（1）廣譜高效
殺生劑應能有效控制種類廣泛的微生物，對各種細菌、真菌和藻類均應有效。使用后，殺生率一般應在90％以上。藥效應維持24H以上。
（2）與其他化學藥劑和使用條件相容
殺生劑應與緩蝕阻垢劑及其他殺生劑匹配相容，不互相干擾。例如，季銨鹽與陰離子表面活性劑共用時，易產生沉淀；季銨鹽也不宜和氯酚類殺生劑共用；當水中含氨或還原性物質時，會影響氧化性殺生劑的效果。殺生劑的適應pH值應與運行pH值范圍相近。
（3）不危害環境
為防止排污水對環境造成公害，應了解殺生劑的毒性等級，同時還需了解當地環保部門的規定，以及允許排放的指標。對殺生劑的降解性能也應作調查或測定。非氧化性殺生劑投用之后，本身可被微生物分解，隨時間而降低。投用非氧化性殺生劑時，一般停止排污24H，要排污時，應達到環保要求。
（4）經濟實用
殺生劑既高效又價廉，來源方便，溶解性能好，使用安全方便。在循環冷卻水系統中，殺生劑的種類雖可隨時改變，但應作一定的設計規劃，選擇一個較好的方案。例如采用以氯為主，輔助使用非氧化性殺生劑的方法是經濟合理的方法。單獨使用非氧化性殺生劑的費用要高出許多倍。從藥品經濟性這一條來說，任何非氧化性殺生劑都不能與氯相比。因此非氧化性殺生劑不宜長期經常使用，是非定期輔助使用。又如兩種或兩種以上非氧化性殺生劑復合使用可以增效，使殺生劑用量減少、降低費用。
（5）要注意微生物的抗藥性
有資料介紹微生物對氯無抗藥性，但一般試驗均證明微生物對非氧化性殺生劑有抗藥性。故應避免長期單獨使用一種非氧化性殺生劑，兩三種殺生劑交替使用。但如偶爾使用非氧化性殺生劑，則不必顧慮抗藥性問題。
