經同意，，于1979年決定，以原中國農科院生物研究所農業環保研究室為根底，在天津市擴建成由部直屬的農業環境保護科研監測的專業研究機構。農業環境監測站在對農業環境監測過程中有著十分重要的效果。
該所當時首要承擔和環境保護小組單位等部門交給的有關農業環境保護方面的科研和監測使命;設有水土污染與防治研究室，農藥污染與防治研究室，大氣污染與防治研究室，畜(禽)污染與防治研究室(毒理室)，農業環境監測室及科研情報和儀器等室(組)。
幾年來該所先后曾掌管和參加了中國的污灌普查，農業環境質量評價，農田灌溉水質標淮，‘農用污泥規范，雞飼料衛生規范，農業環境背景值查詢，以及大氣污染防治和農藥殘留方面的科研使命。往后將跟著農業環境監測站中國農業環境保護工作的開展和的科研規劃，還將逐步增加有關農業環境生態和農業環境經濟與管理等方面的研究室(組)，并與各省、市、自治區樹立的農業環境保護監測站一同，構成中國的農業環境監測網絡。
