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高效離子交換色譜儀流動相是用去離子水溶解淋洗劑配制而成，淋洗劑為電解質（含陽離子、陰離子），其中對分離起實際作用的離子稱為淋洗離子。如以Na2CO3水溶液為流動相，分離無機陰離子時，Na2CO3是淋洗劑，CO32ˉ是淋洗離子。
一、理論上選擇流動相的原則：
淋洗離子與樹脂的親和力應接近或稍高于被測離子。
二、實際上選擇流動相的原則：
樣品組分中有強保留離子和弱離子時，若選擇與保留*強的離子的親和力接近的淋洗離子，弱保留的離子會很快流出色譜柱，不能達到分離。所以應根據樣品組成，通過實驗選擇流動相。
