循環冷卻水系統的水垢附著、腐蝕、微生物黏泥等危害問題的發生，大多是由于各種因素引起的或多種因素綜合作用的結果，有些問題并不是化學藥劑所能解決的，所以僅注意循環冷卻水的化學處理而忽視其他工作，就不能解決系統的所有問題。
循環冷卻水系統綜合治理需要做的工作很多，內容廣泛。歸納起來大體上是抓好以下四方面的工作。
1.防止污染物通過補充水帶入系統；
2.防止大氣污染物通過冷卻塔帶入系統；
3.盡量設法排除系統中的污染物；
4.盡力減少工藝泄漏物的危害。
以下列舉一些常見的綜合治理措施。
（1）嚴格把好補充水的質量關
補充水中的機械雜質、懸浮物、膠體物、有機物、鐵、錳、微生物等帶入循環冷卻水中，均可能造成危害。補充水進入循環系統后，因濃縮倍數提高使這些雜質的濃度也成倍增加。因排污水量很低，故這些雜質很難排出系統，在系統積累后可能產生沉積或腐蝕。對超標的雜質，化學處理也無能為力。化學處理的前提是要清潔的補充水，不能處理臟水。故要搞好循環冷卻水的化學處理，必須首先把好預處理質量關，防止雜質進入系統。
根據水質情況，一般預處理的方法有預沉、混凝、澄清、過濾、消毒等工序，可使雜質達到質量要求。對于有結垢傾向的水質，必要時可進行軟化處理，除去部分碳酸鹽硬度及部分堿度。軟化方法采用石灰軟化法或離子交換法。
（2）種植草坪和水池加蓋防風沙
經驗證明，冷卻塔系統在風沙之后渾濁度立即增加一倍，沉積物也相應增加。為防風沙，一般應在冷卻塔周圍種草坪阻風沙。風沙常見地區一般水池上加蓋防沙，有的在塔頂也加蓋。加蓋還能起到遮陽光阻止藻類生長的作用。在沙塵暴常發生地區安排以上措施更為重要。
（3）合理安置冷卻塔，防止環境危害
在設計時就應考慮到環境對冷卻塔的影響，使塔位置距離污染源遠些，避免在其下風向。某些設置不當的冷卻塔會多年受環境的危害，得不到解決。如某些冷卻塔離煤場、鍋爐或高爐很近，常受到煤粉、煙塵、高爐粉塵等污染。環境中的工藝泄漏物或排放物（如酸性氣體、氨、有機物等）如吹入冷卻塔會使系統腐蝕加重或受到微生物的危害。
（4）加強濾網管理，防止機械雜質危害
系統中的塑料布、木塊、塔填料、銹蝕物等機械雜質和昆蟲等常會堵塞水冷卻器影響傳熱。故加強循環水泵前的濾網管理十分重要。對濾網應及時清理和檢修。有的將碳鋼濾網改為不銹鋼網以防腐蝕。
（5）燈火管制防昆蟲
有些環境中夏季昆蟲大量繁殖，往往隨空氣帶入冷卻塔進入循環系統。某種甲殼蟲的粗細與換熱管的內徑相近，當濾網有漏洞時，會進入水冷卻器堵住管口，不僅影響傳熱又造成垢下腐蝕。如果濾網無漏洞，甲殼蟲也會附著在濾網上，慢慢解肢進入系統造成沉積和腐蝕，并形成咖啡色泡沫。解決的辦法主要是嚴格燈火管制，即夜間在塔區不能開燈，或在塔周圍設殺蟲燈或探照燈將昆蟲引開。
（6）旁濾池除去系統內雜質
旁流處理就是從循環冷卻水系統中抽出循環水量的2％～5％的水，經旁濾池過濾之后再返回系統。旁濾池可以過濾掉水中大部分懸浮固體、黏泥、微生物等。當旁濾池反洗時，這些雜質隨反洗水排出系統。反洗水常是黑色臟水，故排出的雜質比系統排污水多得多，使系統中的雜質不易積累和危害。許多實例說明，設旁濾池后渾濁度降低50％以上，黏泥量和微生物也大量降低。
旁濾池多采用重力式無閥濾池，濾料多用石英砂，也可用無煙煤。濾料上雜質增多后，水頭壓力損失增加，可使過濾自動停止，進行反洗。
旁濾池不適用于含油污過多的水。油垢容易使濾料堵塞。
（7）池底排污和就地排污
池底排污是將排污管深入池底處，利用虹吸原理排污。可排出池底含沉積物較多的水，優于溢流排污。就地排污就是臨時將系統排污口改在某臺因泄漏受污染的水冷卻器出口處，以減少其對整個系統的污染。為清除殼程水冷卻器的沉積物，有時采用空氣攪動措施或反沖洗措施使沉積物懸浮起來，這時也宜就地排污，使懸浮起來的沉積物不再返回系統。這些減少系統污染物的措施應在設計時考慮，以便隨時采用。
（8）工藝泄漏物的管理
工藝介質（如氨、硫化物、有機物、油類等）泄漏均能造成危害。故應加強對泄漏物的監測，及時對水冷卻器堵漏。如無條件停車堵漏，則需采取就地排污等措施。
