在選購殺菌劑時通過內部試驗篩選，同時進行殺菌試驗，再應用于現場。選擇殺菌劑一般需考慮以下因素。
（1）廣譜高效
殺菌劑盡可能的可以有效控制種類更廣泛的微生物和各種細菌、真菌和藻類。使用后，殺菌率應在90％以上。藥效應維持24H以上。
（2）與其他化學藥劑和使用條件相互兼容
殺菌劑應與緩蝕阻垢劑及其他殺菌劑匹配相容，效果不互相干擾。例如，季銨鹽與陰離子表面活性劑共用時，易產生沉淀；季銨鹽也不宜和氯酚類殺菌劑共同使用；當水中含氨或還原性物質時，會影響氧化性殺菌劑的效果。殺菌劑的適應pH值應與運行pH值范圍相近。
（3）不危害環境
為防止排污水對環境造成傷害，應事先了解殺菌劑的毒性等級，同時結合當地環保部門的規定，允許排放的指標。對殺菌劑的降解性能也應作調查或測定。非氧化性殺菌劑投加之后，本身可被微生物分解，隨時間而降低。投用非氧化性殺菌劑時，一般停止排污24H，要排污時，應達到環保要求。
（4）經濟實用
殺菌劑既高效又價廉，來源方便，溶解性能好，使用安全方便。在循環冷卻水系統中，殺菌劑的種類雖可隨時改變，但應作一定的設計規劃，選擇一個較好的方案。例如采用以氯為主，輔助使用非氧化性殺菌劑的方法是經濟合理的方法。單獨使用非氧化性殺菌劑的費用要高出許多倍。從藥品經濟性這一條來說，任何非氧化性殺菌劑都不能與氯相比。因此非氧化性殺菌劑不宜長期經常使用，是非定期輔助使用。又如兩種或兩種以上非氧化性殺菌劑復合使用可以增效，使殺菌劑用量減少、降低費用。
（5）要注意微生物的抗藥性
試驗證明有的微生物會對非氧化性殺菌劑產生抗藥性。所以要盡量避免長期單獨使用一種非氧化性殺菌劑，用兩三種殺菌劑交替使用。如果是偶爾使用非氧化性殺菌劑的情況，就不必顧慮抗藥性問題。
