在水處理中水的消毒方法可分化學的和物理的兩種。物理消毒方式主要有加熱法、紫外線法、超聲波法等。化學消毒方式主要有加氯法、臭氧法、重金屬離子法以及其他氧化劑法等。其中以加氯消毒法使用普遍和常見，因為氯的消毒能力強，價格實惠，設備相對簡單，余氯測定也方便，加量調節也相對方便，眾多優點以及與一身而得到廣泛應用。加氯法，除使用氯氣之外，還有氯的化合物，如次氯酸鈉、次氯酸鈣、氯胺類以及最近國外在自來水廠中廣為應用的二氧化氯———這是一種比氯的氧化性能更為強烈的氧化劑。
還有一種消毒方式，就是用非氧化型殺菌劑，如氯酚類化合物、季銨鹽類化合物、二硫氰酸甲酯、鹽酸十二烷基胍、有機溴化物等。早期使用的還有銅鹽，如硫酸銅等殺菌劑，這些都屬于化學方法消毒。
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