一、儀器內部的吹掃、清潔
氣相色譜儀停機后，打開儀器的側面和后面面板，用儀表空氣或氮氣對儀器內部灰塵進行吹掃，對積塵較多或不輕易吹掃的地方用軟毛刷配合處理。吹掃完成后，對儀器內部存在有機物污染的地方用水或有機溶劑進行擦洗，對水溶性有機物可以先用水進行擦拭，對不能清潔的地方可以再用有機溶劑進行處理，對非水溶性或可能與水發生化學反應的有機物用不與之發生反應的有機溶劑進行清潔，如甲苯、丙酮、等。留意，在擦拭儀器過程中不能對儀器表面或其他部件造成侵蝕或二次污染。
二、電路板的維護和清潔
氣相色譜儀預備檢驗前，堵截儀器電源，首先用儀表空氣或氮氣對電路板和電路板插槽進行吹掃，吹掃時用軟毛刷配合對電路板和插槽中灰塵較多的部門進行仔細清理。操縱過程中盡量戴手套操縱，防止靜電或手上的汗漬等對電路板上的部門元件造成影響。
吹掃工作完成后，應仔細觀察電路板的使用情況，看印刷電路板或電子元件是否有顯著被侵蝕現象。對電路板上沾染有機物的電子元件和印刷電路用脫脂棉蘸取酒精小心擦拭，電路板接口和插槽部門也要進行擦拭。
三、進樣口的清洗
在檢驗時，對氣相色譜儀進樣口的玻璃襯管、分流平板，進樣口的分流管線，EPC等部件分別進行清洗是十分必要的。
玻璃襯管和分流平板的清洗：從儀器中小心掏出玻璃襯管，用鑷子或其他小工具小心移去襯管內的玻璃毛和其它雜質，移取過程不要劃傷襯管表面。
假如前提答應，可將初步清理過的玻璃襯管在有機溶劑頂用超聲波進行清洗，烘干后使用。也可以用丙酮、甲苯等有機溶劑直接清洗，清洗完成后經由干燥即可使用。
分流平板zui為理想的清洗方法是在溶劑中超聲處理，烘干后使用。也可以選擇合適的有機溶劑清洗：從進樣口掏出分流平板后，首先采用甲苯等惰性溶劑清洗，再用甲醇等醇類溶劑進行清洗，烘干后使用。
分流管線的清洗：氣相色譜儀用于有機物和高分子化合物的分析時，很多有機物的凝固點較低，樣品從氣化室經由分流管線放空的過程中，部門有機物在分流管線凝固。
氣相色譜儀經由長時間的使用后，分流管線的內徑逐漸變小，甚至被堵塞。分流管線被堵塞后，儀器進樣口顯示壓力異常，峰形變差，分析結果異常。在檢驗過程中，不管事先能否判定分流管線有無堵塞現象，都需要對分流管線進行清洗。
分流管線的清洗一般選擇丙酮、甲苯等有機溶劑，對堵塞嚴峻的分流管線有時用單純清洗的方法很難清洗干凈，需要采取一些其他輔助的機械方法來完成。可以選取粗細合適的鋼絲對分流管線進行簡樸的疏浚，然后再用丙酮、甲苯等有機溶劑進行清洗。因為事先不輕易對分流部門的情況作出正確判定，對手動分流的氣相色譜儀來說，在檢驗過程中對分流管線進行清洗是十分必要的。
對于EPC控制分流的氣相色譜儀，因為長時間使用，有可能使一些細小的進樣墊屑進入EPC與氣體管線接口處，隨時可能對EPC部門造成堵塞或造成進樣口壓力變化。
