紫外線殺菌器目前國內的循環水系統為了有效的控制微生物滋生，防止微生物附著在管線、設備上造成設備結垢與腐蝕，都是通過添加大量化學藥劑來達到這一目的。循環水系統中為了消除和抑制細菌生長，交替添加氧化性和非氧化性兩種藥劑，保持循環水中的細菌總數≤3×105個/毫升。殺菌劑在殺滅細菌的同時，也會氧化水中還原性物質和有機型水質穩定劑，改變循環水的性質，并且還會加速換熱器的腐蝕，每次添加完殺菌劑24小時之后要用大量新鮮水對系統內水體進行置換，每次大約消耗大量新鮮水(占系統保有水量二分之一)，每年的夏季四個月，因細菌繁殖快，需要頻繁的進行添加殺菌劑，不但要使用大量藥劑，而且用來置換所消耗掉的新鮮水量就多達上萬噸。這種不足是使用化學藥劑所無法避免的，也是循環水消毒、殺菌面臨的難題。
紫外線殺菌器的殺菌作用原理與其對核酸、蛋白質及酶的作用有關。短波紫外線能 破壞細胞或病毒的核酸結構和功能所謂紫外線殺菌，是通過在紫外線照射來達到 殺菌的目的。微生物細胞中的核糖酸(RNA)和脫氧核糖酸(DNA)吸收光譜的范圍 在 240~280nm，對波長 255～260nm 的紫外線有zui大吸收。而紫外線燈產生的光波的波長恰好在此范圍內。紫外光被微生物的核酸所吸收，一方面可使核酸突變 阻礙其復制，蛋白質的合成;另一方面，產生的自由基引起光電離，從而導致細胞死亡，由此達到殺菌的目的。紫外線還可以對微生物的細胞質和細胞壁的產生一定的破壞作用，失去分裂和復制能力的微生物不會對人體構成威脅。紫外線殺菌具有廣譜性，幾乎對所有的細菌都有效，且殺菌率在一定范圍內可以達到99%。更重要的是紫外線消毒器殺菌對水體不產生二次污染，保持水體穩定，可以持續殺菌，水體無毒性殘留，而且紫外線消毒器價格優于投加藥劑的成本。
