紫外線消毒器消毒物理方法，不向水中增加任何物質，沒有副作用，這是優于氯化消毒的地方，通常與其它物質聯合使用從而達到消毒的目的紫外線對核酸的作用可導致鍵和鏈的斷裂、股間交聯和形成光化產物等，紫外線消毒器主要是通過紫外線對微生物的輻射損傷和破壞核酸的功能使微生物致死。從而改變了DNA 生物活性，使微生物自身不能復制，這種紫外線損傷也是致死性損傷。
一般平均照射劑量在300J/m2以上。低于此值，污水紫外線消毒器用在鄉村污水消毒中。有可能出現光復活現象，即病菌不能被殺死，當從渠道中流出接受可見光照射后，重新復活，降低了殺菌效果。殺菌效率要求越高，所需的照射劑量越大。影響微生物接受到足夠紫外光照射劑量的主要因素是透光率(254nm處)當紫外線消毒器UVC輸出強度和照射時間一定時，透光率的變化將造成微生物實際接受劑量的變化。
