如果微生物沒有接受到足夠的紫外線消毒器紫外照射劑量，有些微生物可以修復其受到的損傷。大量的研究表明：病毒本身沒有修復能力，有些細菌具有修復能力，但受到的紫外照射劑量越高，其修復能力越低，只要劑量設計適當，適當增加價格成本，可去除或有效地抑制這些微生物的修復能力。
微生物的修復在實際污水處理和回用水處理系統中并不重要，另外污水本身的特性也被認為不利于微生物受傷后的修復，建議利用管道式紫外線消毒器燈管密度高殺菌效果好的特性解決微生物受傷后的修復問題。有些研究還顯示中壓紫外燈發射的某些紫外波長可能可以抑制或破壞微生物的修復能力。世界上使用紫外消毒工藝的3000多家污水處理廠的實際運行表明微生物的修復并不是實際問題，現在這一問題在國外已不再是紫外污水消毒處理應用中人們擔心的問題。
微生物的修復可分為光修復和黑暗修復，光修復需要可見光的存在，而且微生物在受到污水紫外線消毒器的紫外線照射后到見到可見光之間的間隔時間越長，微生物見到可見光后光修復的能力越低，如果時間間隔超過2小時以上，一些微生物會喪失光修復能力，污水廠在設計時可利用這一特點通過增加消毒后污水不見光的時間來進一步抑制微生物的修復。
