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熒光顯微鏡的物鏡上方過濾器立方體炮塔，再加上一個相機。光鏡下主要中心最近的事態發展在上升熒光顯微鏡進入生物。在第二十世紀的最后十年，特別在后—基因組時代，許多技術熒光染色屬于蜂窩結構開發。技術組主要涉及靶向化學特定的細胞結構，染色為例，化學化合物DAPI標簽DNA，共軛熒光記者使用的抗體，看免疫熒光，和熒光蛋白，如綠色熒光蛋白。這些技術的使用這些不同的熒光基團的細胞結構分析在現場和固定的樣品分子水平。
熒光顯微鏡的崛起開了一個重要的現代顯微鏡的設計發展的共聚焦顯微鏡。1957年被授予權的原則明斯基，雖然激光科技有限公司的技術在實踐中的應用。直到1978時托馬斯和克里斯托夫克里默開發了個實用的激光掃描共聚焦顯微鏡和技術迅速得到普及，在上世紀80年代。